Pengaruh Masakan Cina terhadap masakan Indonesia jelas kelihatan dalam masakan Indonesia terhadap masakan Cina, seperti mie goreng, lumpia, bakso dan siomay. Bagaimanapun pengaruh masakan juga mengambil jalan lain. Peranakan Masakan Cina Indonesia juga telah dipengaruhi oleh masakan asli Indonesia. Dipercayai bahawa lontong cap go meh ialah masakan Cina Peranakan Indonesia yang mengambil hidangan tradisional Indonesia.

Pendatang Cina awal di Indonesia menetap di bandar pantai utara Jawa, seperti Semarang, Pekalongan, Lasem, Tuban dan Surabaya, seawal Majapahit zaman. Pada masa itu hanya lelaki Cina yang menetap di Jawa dan mereka berkahwin campur dengan wanita Jawa tempatan dan mewujudkan budaya Peranakan Jawa-Cina. Pendatang Cina awal ini membiasakan diri dengan masakan isteri Jawa mereka. Untuk meraikan Tahun Baru Cina, semasa Cap go meh, Peranakan Jawa menggantikan tradisional yuanxiao (bola nasi) dengan lontong tempatan diiringi dengan pelbagai hidangan Jawa seperti opor ayam dan sambal goreng ati (hati lembu pedas). Dipercayai hidangan itu mencerminkan asimilasi dalam kalangan pendatang Cina dan masyarakat Jawa tempatan.[2] Adalah dipercayai bahawa lontong cap go meh penuh dengan simbol nasib baik; kuih beras pekat dianggap lebih kaya berbanding bubur berair nipis (beras congee) yang sering dianggap sebagai makanan orang miskin. Bentuk 'lontong' yang memanjang juga melambangkan umur yang panjang. Manakala telur melambangkan nasib baik dan kuah santan kunyit kekuningan mewakili emas dan rezeki.[2]

Lontong cap go meh adalah fenomena Peranakan-Jawa; Orang Peranakan di Semenanjung Tanah Melayu, Sumatera dan Borneo tidak mengenali hidangan ini.[2] Ia biasanya dikaitkan dengan tradisi Imlek orang Cina Indonesia di bandar-bandar Jawa, khususnya Semarang. Memandangkan orang Betawi (orang asli Jakarta) juga banyak dipengaruhi oleh budaya Peranakan Cina Indonesia, lontong cap go meh juga dianggap sebagai sebahagian daripada masakan Betawi.